Gli storici medievali indicano questo sito come quello di un tempio romano dedicato alla Bona Mater. San Pier Damiani scrisse come in questo sito si trovava una basilica con le spoglie di san Rufino dal 412 e come il vescovo Ugone (XI secolo) fosse in contrasto con il popolo poiché voleva traslarle nell'allora cattedrale di Santa Maria Maggiore, con la vittoria dei cittadini di Assisi.

Nella città feudale la chiesa di San Rufino era il fulcro della "cittadella dei canonici" e la fondazione della chiesa attuale risale probabilmente all'VIII secolo. Fu rifatta una prima volta in forme più grandi dallo stesso Ugone, il quale la insignì alla fine del titolo di cattedrale nel 1036. Nel 1140 fu avviata una nuova ricostruzione su progetto di Giovanni da Gubbio, che si protrasse per vari decenni. Nel 1210 il Comune, che ne utilizzava il sagrato per le riunioni, auspicò un veloce completamento, perché attribuiva all'edificio incompleto la mala sorte che animava le lotte tra le fazioni. Nel 1228 si arrivò alla consacrazione dell'altare maggiore, da parte di papa Gregorio IX e nel 1253 fu consacrata l'intera chiesa completata, da parte di Innocenzo IV.

La facciata è una delle opere più significative dell'romanico "umbro" ed è confrontabile con esempi coevi a Spoleto, quali il Duomo e San Pietro.

La fascia inferiore risale al XII secolo, coi tre portali fiancheggiati da leoni e grifi scolpiti. Il portale centrale in particolare ha una ricca ornamentazione, soprattutto nella ghiera multipla decorata da rilievi di tralci, girali, figure allegoriche e animali mostruosi; la lunetta ospita il Cristo in trono entro un clipeo, tra il sole, la luna, la Madonna che allatta e San Rufino. Il portale destro ha una lunetta con Due uccelli che si abbeverano a una fonte (simbolo delle anime cristiane che si abbeverano alla grazia divina), mentre quello sinistro ha Due leoni attorno a un vaso.

Sopra i portali corre una fascia orizzontale con figure di Animali e mensole con teste umane e zoomorfe; sopra di essa si trova una galleria dalla quale sporgono Quattro animali.

La zone mediana è occupata da tre elaborati rosoni, attorno ai quali si trovano mensole con alcuni altorilievi: attorno a quello centrale Simboli degli Evangelisti e in basso tre Telamoni. La zona della facciata risale alla fine del XIII secolo ed è composta da una coronazione triangolare a capanna con all'interno un arco gotico, dove probabilmente doveva essere inserita una pittura o un mosaico.

Il maestoso campanile romanico si vede dalla piazza, risalente in gran parte all'edificio di Ugone, con doppie bifore.

L'interno è a tre navate divise da pilastri, con pianta basilicale. L'aspetto odierno risale al rinnovo del 1571 ad opera di Galeazzo Alessi; solo sopra le volte restano tracce della chiesa primitiva, tra le quali i resti di una cupola.

In seguito a restauri vennero rimossi gli altari laterali, scoprendo anche, sulla parete sinistra, tratti di un muro romano.

All'interno si trovano dieci altari, alternati a statue di Profeti di Agostino Silva[1] del 1672. Sulla controfacciata si trovano due statue accanto al portale centrale: San Francesco di Giovanni Dupré (1882) e Santa Chiara di Amalia Dupré (1888).

All'inizio della navata destra si trova l'antico fonte battesimale, dove furono battezzati san Francesco, santa Chiara e forse, nel 1197, Federico II di Svevia. Il fondo fu decorato nel 1882.

Il primo altare presenta il gonfalone di San Giuseppe, opera di Berto di Giovanni, e subito dopo si apre la cappella del Sacramento di Giacomo Giorgetti (1663, decorata da tele e affreschi che ne fanno la più unitaria opera barocca di Assisi: sulla porta d'ingresso si trova un Sacrificio di Elia di Giovanni Andrea Carlone, autore anche dei dipinti su tela (da destra Agar nel deserto, David in preghiera, Elia e l'angelo, Natività, Cena in Emmaus, Resurrezione, Tobia e l'angelo, Davide riceve i panni da Alchimelech e Sacrificio di Isacco. Gli affreschi sul catino absidale e sulla volta sono suoi, di Giacomo Giorgetti (1663) e di Giovanni Antonio Grecolini (XVIII secolo). In controfacciata della cappella si trova un'Ultima cena di fra' Emanuele da Como, mentre l'organo sulla cantoria in legno dorato e intagliato è del XVII secolo.

La porticina accanto alla cappella porta a un portale romanico sul lato destro, coevo a quelli della facciata. Seguono l'altare dell'Addolorata, con statua policroma del 1672, l'altare di San Francesco, con stucchi della Virtù cardinali di Agostino Silva e una tavola con Cristo in gloria e santi di Dono Doni (1550).

L'altro lato della navata ospita l'altare di San Gaetano di Thiene, con una tela di Francesco Refini, l'altare del Crocifisso, con stucchi del Silva, l'altare di Sant'Emidio, disegnato da Giacomo Giorgetti e con la tela della Trinità, Madonna e santi che intercedono per Assisi di Francesco Appiani (1752), e l'altare di Santa Maria della Consolazione, con una Madonna col Bambino e santi del XVIII secolo.

Il braccio destro del transetto ospita l'altare di San Vitale, con la Deposizione dalla Croce di Dono Doni (1563). Nel braccio sinistro l'altare di San Rufino d'Arce, con una Crocefissione sempre del Doni.

Nell'abside si trova un coro ligneo cinquecentesco con intagli di Piergiacomo da Sanseverino (1520), con al centro il grande organo del XIX secolo. Sotto l'altare si trovano le spoglie di san Rufino, nella cripta fatta costruire dal vescovo Ugone nell'XI secolo per raccogliere le spoglie del santo patrono cittadino, in un sarcofago romano scolpito, ancora visibile, che risale al III secolo.

La sagrestia, alla quale si accede dalla destra dell'abside, ospita alcune opere d'arte: San Francesco che benedice Assisi, tela di Cesare Sermei e altri dipinti, opera dello stesso Sermei, di Girolamo Marinelli, di Giacomo Giorgetti, di Martin Knoeller e di Baldassarre Orsini.

Dalla sagrestia si accede tramite una porticina a sinistra a un oratorio sotterraneo detto di San Francesco, dove il santo pregava prima di predicare al popolo dalla cattedrale.

fonte: wikipedia