Il museo fu voluto dai Canonici del Capitolo della Cattedrale (da qui il nome di "Capitolare") e ospitato in uno delle tante sedi del Capitolo. Fu aperto nel 1923, nelle sole prime sale. Negli anni '80 il museo fu chiuso per via di lavori di scavo in cui vennero scoperti dei locali sotteranei. Riaperto nel 2000, oggi si possono ammirare numerose opere d'arte, tra cui primeggia la Pala di Sant'Onofrio di Luca Signorelli.

Il museo è ospitato in 25 sale attigue al chiostro accanto la Cattedrale di San Lorenzo, al piano terra ed al piano inferiore, in alcuni locali della cripta. Le opere esposte vanno dall'alto Medioevo al XIX secolo.

Sala 1
Nella prima sala si trova l'ingresso e la biglietteria. Anticamente questa sala ospitava il refettorio dei canonici.

Sala 2 - Il tesoro
Parato Armellini (scuola romana-perugina, XVI sec.)
Pastorale (orafo umbro, seconda metà del XVI sec.)
Pastorale (orafo umbro, seconda metà del XIX sec.)
Pastorale orientale (ignoto, XVII sec.)
Oreficerie con calici, piatti, candelieri, turiboli, navicelle, croci, campanelle (oreficeria del centro Italia, dal XV al XIX sec.)
Leggio (ignoto, XVII sec.)
Busto di Sant'Ercolano (scuola fiorentina, fine XVI sec.)
Croce da Tavolo (ignoto, XVII sec.)
Bussollo (arte umbra, metà XVIII sec.)

Sala 3 - I codici manoscritti e miniati
Custodia di Libro Liturgico (scuola veneziana, XII sec.)
codici e manoscritti (scuola locale, sec. XIV-XVI sec.)

Sala 4 - Sala rossa
Arredi (XVIII sec.)
Paesaggi (Alessio de Marchis, prima metà XVIII sec.)
statua San Lorenzo (arte umbra, seconda metà XVI sec.)
statua S.Stefano (arte umbra, seconda metà XVI sec.)
Madonna Orante (Tito Moretti, 1872)

Sale 5 e 6 - Biblioteca Capitolare
Chiuse e accessibili solo per studio.

Sale 7, 8, 9 e 10 - Parte sotterranea
frammenti scultorei (secc. VI a XVI sec. circa)

Sala 11 - Lapidario XV-XVI secolo
Altare della Famiglia Cantagallina (ignoto, seconda metà XV sec.)
Alatare di San Bernardino (ignoto, seconda metà XV sec.)

Sale 12 e 13 - Frammenti scultorei medievali
Testa Leonina (scuola umbra, XIII sec.)
Genesi (scuola umbra, XII sec.)
Creazione di Eva (attr. Giovanni Pisano, XIII-XIV sec.)
Testa di Fanciullo (scuola umbra, XII sec.)
Testa di chierico (Bottega di Arnolfo di Cambio, fine XIII sec.)
Salvatore benedicente (Bottega di Arnolfo di Cambio, fine XIII sec.)
Testa (Giovanni Pisano, XIV sec.)

Sala 14 - Pinacoteca XIV-XV secolo
Madonna con Bambino (scuola umbra, XIV-XV sec.)
Madonna del Verde (arte umbra, inizio XV sec.)

Sala 15 - I capolavori medievali
statua Madonna della Costa (arte umbra, XII sec.)
Trittico (Meo di Guido da Siena, prima metà XIV sec.)
Madonna del Latte (Andrea Vanni, XIV sec.)
Trittico (Agnolo Gaddi, XIV sec.)
Faldistorio (arte meridionale, inizio XIII sec.)
Dormitio Mariae (scuola umbra, prima metà XV sec.)

Sala 16 - La Pietà
Pietà (Bartolomeo Caporali, 1486)

Sala 17 - Il '400 perugino
Gonfalone scultoreo bifronte (Battista di Baldassare Mattioli, 1453)
Cristo e Santi (Ludovico di Angelo Mattioli, 1489)
Coppia di angeli reggiceri (arte umbra, XV sec.)

Sala 18 - Gli artisti perugini del '400-'500
Gonfalone di San Fiorenzo (Benedetto Bonfigli, 1476)
Madonna con Bambino (Bottega Bartolomeo Caporali, 1515)
Madonna con Bambino e Santi (Botteda del Perugino, fine XV sec.)
Martirio di San Lorenzo (Giannicola di Paolo, 1513)
Madonna con Bambino e angeli (scuola fiorentina, inizi XVI sec.)

Sala 19 - Artisti locali e forestieri del Rinascimento perugino
San Lorenzo (Bernardino di Mariotto, XVI sec.)
Altarolo a sportelli (Niccolò del Priore, XV sec.)
Pala di Sant'Onofrio (Luca Signorelli, 1484)
Coppia scultorea di Angeli ceriferi (scuola umbra, XVI sec.)
Madonna con Bambino tra santi (ignoto umbro, XIX sec.)
Madonna con Bambino e Santi (Pompeo di Piergentile Cocchi, 1529)

Sala 20 - Arte tra XVI e XVII secolo
Madonna in trono tra Angeli e Santi (Girolamo Danti, 1573 circa)
Coppia scultorea di Angeli Adoranti (ignoto umbro, XV-XVI sec.)
Bassorilievo con testa di Cristo (Vincenzo Danti, XVI sec.)
Maddalena penitente (ambito di Giandomenico Cerrini, 1662 circa)
Sant'Agnese (arte umbra, XVII sec.)
Santa Lucia (arte umbra, XVII sec.)

Sala 21 - La pittura di genere
Natura morta (ignoto, XVII sec.)
Natura morta (ignoto, XVII sec.)
Natura morta (ignoto, XVII sec.)
Natura morta (ignoto, XVII sec.)
Veduta di Piazza Grande a Perugia (ignoto umbro, inizi XVIII ec.)
Veduta di Piazza Grande a Perugia (ignoto umbro, inizi XVIII sec.)

Sala 22 - Gli Ex-voto
Miracoli di San Giuseppe sposo (ignoto, XVII sec.)
Martirio di San Lorenzo (Anton Maria Fabrizi, prima metà XVII sec.)
Martirio di Sant'Ercolano (Mattia Batini, inizi XVIII sec.)

Sala 23 - La pittura religiosa del XVIII secolo
Madonna del Rosario (Vincenzo Monotti, 1773)
San Giovanni Battista (Francesco Mancini, prima metà XVIII sec.)
Cristo deposto (Giacinto Boccanera, 1729)

Sala 24 - Lo sposalizio della Vergine
Sposalizio della Vergine (Carlo Labruzzi, 1814)
Elemosina di San Lorenzo (Baldassarre Orsini, seconda metà XVIII sec.)
Martirio di San Lorenzo (Baldassarre Orsini, seconda metà XVIII sec.)

Sala 25 - Sala del dottorato
Adiacente al museo, conserva affreschi raffiguranti papa Giovanni XXII tra gli imperatori Carlo IV e Sigismondo.

Sono presenti inoltre:
Ritratto di Papa Leone XIII (ignoto, XIX-XX sec.)
San Carlo Borromeo e la nipote (Ulisse Ribustini, 1888)

fonte: wikipedia